センター試験に限らずだけど、マークシートの試験は必ず指定された筆記具で記入しないとダメ！
センター試験は鉛筆で記入することになっているのに意外とシャープペンシルでマークする人が多いみたいですが、仮に鉛筆と同じ濃さのシャープペンシルを使っていても、シャーペンは折れにくくするために芯の成分が特殊で、機械で読み取れないことが稀にあるそうです！(マークシートは色を判別しているというよりは反射を判別してるから)
実際、シャープペンシルでもほとんど読み取れるみたいですが、確実なのは鉛筆なので、指示通り鉛筆のほうがいいと思います！